La protection et la sécurité des données sont d’une importance primordiale pour le DEP. La loi sur la protection des données et la loi fédérale sur le dossier électronique du patient y veillent. Chaque fournisseur d’un DEP fait l’objet d’une vérification approfondie, d’une certification et d’un contrôle régulier, afin d’assurer que les documents contenus dans le DEP soient protégés contre tout accès extérieur et archivés de manière sûre.